學(xué)校創(chuàng)辦于1986年9月29日，原名“福建省廈門師范學(xué)校第二附屬小學(xué)”，歸屬廈門師范學(xué)校管理，是廈師的實(shí)習(xí)基地之一。當(dāng)年學(xué)校規(guī)模為12個(gè)教學(xué)班。學(xué)校地處廈門島東部新區(qū)的繁華地帶——蓮花新村，占地7676平方米，總建筑面積4982平方米。1987年，原郊區(qū)學(xué)校后埔小學(xué)即將劃歸湖里區(qū)管理，而后埔小學(xué)的五個(gè)班級約150名學(xué)生家住呂厝村，呂厝村劃歸開元區(qū)管轄。經(jīng)廈門市教育委員會研究決定，呂厝村師生劃歸廈師二附小，暫作為二附小分校。1991年9月，分校師生并入蓮花小學(xué)。

由于廈門師范學(xué)校停辦，2002年6月26日，經(jīng)市政府批準(zhǔn)，學(xué)校更名為“廈門第二實(shí)驗(yàn)小學(xué)”，依然歸屬廈門市教育委員會直接管理。2004年1月1日，根據(jù)“中共廈門市委、廈門市人民政府關(guān)于調(diào)整部分事權(quán)與財(cái)政體制的通知”要求，學(xué)校下放思明區(qū)管理，學(xué)校歷史也進(jìn)入另一個(gè)嶄新的階段。

廈門第二實(shí)驗(yàn)小學(xué)堅(jiān)持“以美育人，全面發(fā)展”的辦學(xué)理念，按照“整體優(yōu)化，科研先行”的改革思路，構(gòu)建“以美輔德、以美啟智、以美健體、以美促勞、以美樂群、以美揚(yáng)長”育人模式，走“依法治校、以德理校、科研興校、質(zhì)量立校、特色顯校”發(fā)展道路，突出了“以人格塑造人格，以品德化育品德，以素質(zhì)提高素質(zhì)”這一主題，形成了“藝術(shù)教育、生活德育”辦學(xué)特色。

學(xué)校堅(jiān)持“質(zhì)量立校，科研興校”的改革之路，以科研帶動教研，以科研促進(jìn)課改。學(xué)校結(jié)合《誘導(dǎo)小學(xué)生走進(jìn)民族音樂的研究與實(shí)踐》和《校本課程的研究與開發(fā)》《閩南文化進(jìn)課程的研究與開發(fā)》《小學(xué)生學(xué)習(xí)質(zhì)量監(jiān)控 的研究 》等國家級和省市級科研課題的研究，對課改中一些熱點(diǎn)問題進(jìn)行卓有成效的探索，開展了“家長與課改同行” 的一系列教學(xué)活動，取得可喜的成績。幾年來，學(xué)校迎來教育部調(diào)研組和國家、省、市各路學(xué)者、同行的多次調(diào)研，課改實(shí)驗(yàn)成效得到充分肯定。《中國教育報(bào)》特別報(bào)道了該校“家長與課改同行”這一有意義的首創(chuàng)舉措。